Le CESER mène ses travaux au sein de six commissions thématiques et une formation de travail.
- COMMISSION « AMÉNAGEMENT DURABLE DE L’ESPACE RÉGIONAL »
- COMMISSION « ÉCONOMIE, EMPLOI ET INNOVATION »
- COMMISSION « FORMATION, ÉDUCATION ET RECHERCHE »
- COMMISSION « FINANCES ET ÉVALUATION DE L’ACTION PUBLIQUE »
- COMMISSION « QUALITÉ DE LA VIE, CULTURE ET SOLIDARITÉ »
- COMMISSION « TERRITOIRES, EUROPE ET COOPÉRATION »
- FORMATION DE TRAVAIL « DÉMOCRATIE LOCALE PERMANENTE »